Tulpina Britanica
Din toamna anului trecut a inceput sa se raspandeasca in sud-estul Angliei o noua tulpina SARS-COV2 care s-a dovedit a fi mai contagioasa decat vechile tulpini (tulpina UK, denumita si B.1.1.7, cu diferite mutatii in proteina Spike). Riscul pe care il aduce aceasta noua tulpina il reprezinta o raspandire rapida, exponentiala, cu o transmisibilitate mai ridicata cu 20%-70% [1] fata de vechile tulpini. Din fericire, anticorpii neutralizanti ai pacientilor cu vechile tulpini, precum si a persoanelor deja vaccinate cu vaccinurile actuale, isi mentin eficacitatea impotriva ei [1].
Marea Britanie si alte tari au avut deja transmitere comunitara intensa cu B.1.1.7 si au fost nevoite sa adopte masuri stricte pentru a reduce transmisibilitatea (vezi Irlanda, Spania, Portugalia, Israel, Franta, si Danemarca).
Pentru a intelege viteza crescuta de transmitere a tulpinii B.1.1.7, este important sa ne uitam la evolutia ei in comparatie cu vechile tulpini.
Figura 1. Cresterea exponentiala a tulpinii B.1.1.7 (S-) in zonele de sud-est a Angliei a continuat la sfarsitul lui 2020 in acelasi timp cand restrictiile au dus la scaderea cazurilor cu vechile tulpini (S+). preluat din [2].
Proiectii Romania pentru 28 Martie
Evolutia tulpinilor vechi SARS-COV2 si a B.1.1.7 poate fi estimata in functie de rata de transmisibilitate efectiva (Rt). Spre deosebire de rata de transmisibilitate R0 a virusului, rata efectiva Rt depinde atat de particularitatile virusului, cat si de masurile luate spre a impiedica transmiterea (distantare sociala, purtarea mastii, restrictii) si de nivelul de imunizare in populatie (prin boala sau prin vaccin).
Masurile adoptate de Romania la inceputul lunii Noiembrie, desi mai putin restrictive decat cele din primavara 2020, au reusit sa stavileasca cresterea pandemiei si sa reduca treptat Rt pana in jur de 0.9 (https://www.graphs.ro/covid_r_ma7.php). Anumite relaxari, dintre care unele deja luate (deschiderea de restaurante, teatre, sali de spectacole, jocuri de noroc) vor duce automat la o crestere Rt, asa cum s-a observat atat in lunile Iulie-Septembrie 2020. Deschiderea scolilor vor duce de asemenea la o crestere Rt de 0.1 – 0.2, asa cum s-a vazut la inceputul lunii Octombrie 2020, si cum a fost raportat in multiple studii (vezi de exemplu [3]).
Conform studiilor daneze citate in [1], Rt pentru B.1.1.7 este asteptat sa creasca cu 36% fata de vechile tulpini, desi exista incertitudini si cresterea poate fi undeva intre 20% si 50%. Datorita contagiozitatii superioare, aceasta tulpina va deveni cu siguranta dominanta odata ce intra in circulatie, dar in acest moment este inca relativ rara in Romania; primul caz a fost raportat pe 8 Ianuarie. Prof. Mihai Dimian de la Universitatea Stefan cel Mare din Suceava, care a contribuit la modelarea, testarea și secvențierea virusului SARS-CoV-2, inclusiv cu varianta nouă a tulpinii, estimează ca trei scenarii posibile de lucru privind răspândirea noii tulpini ținând cont de cazurile pozitive cu varianta B.1.1.7 depistate până acum și numărul total de cazuri pozitive din luna ianuarie, numărul de teste efectuate și numărul estimat de secvențieri efectuate în România: 1 din 1000 de cazuri pozitive din România s-ar datora noii tulpini (scenariul cel mai probabil), 1 din 100 (scenariul mediu) și 1 din 35 (scenariul pesimist). In termeni absoluți, putem estima între 3 (scenariul cel mai probabil) si 91 (în cel mai rău scenariu) cazuri zilnice cu B.1.1.7.
Evolutia pandemiei in Romania a fost simulata sub doua scenarii:
- un scenariu unde masurile din 9 Noiembrie sunt pastrate, fara relaxari aditionale fata de situatia din 10 Ianuarie (in acea data anumite judete erau in scenariu rosu si aveau restrictii suplimentare, care s-au relaxat in ultimele saptamani). Acest scenariu corespunde cu Rt = 0.9 si Rt = 1.22 pentru vechile tulpini, respectiv B.1.1.7
- un scenariu unde masurile se vor relaxa si Rt va creste cu 0.2. Acest scenariu corespunde cu Rt = 1.1 si Rt = 1.49 pentru vechile tulpini, respectiv B.1.1.7
Trei scenarii separate au fost considerate pentru frecventa noii tulpini intre cazurile pozitive la 10 Ianuarie: 1 din 1000 (3 cazuri zinice, cel mai probabil), 1 din 100 (32 cazuri zilnice, scenariu mediu), si 1 din 35 (91 cazuri zilnice, scenariu pesimist).
Figura 2. Proiectii 28 Martie pentru tulpinile vechi si pentru B.1.1.7 sub doua scenarii de restrictii / relaxari. Frecventa B.1.1.7 intre SARS-COV2 pozitivi asumata pe 10 Ianuarie la 0.1% (albastru, scenariul cel mai probabil), 1% (portocaliu, scenariul mediu), si 2.8% (rosu, scenariul pesimist).
Dupa scenariile mai pesimiste in care B.1.1.7 reprezintă deja peste 1% din cazurile noi, noua tulpina va deveni dominanta in Romania in prima jumatate a lunii Martie. Daca masurile nu se relaxeaza, numarul total de cazuri se va mentine sub 3000 cazuri zilnice (dintre care cel mult 2100 B.1.1.7 în cel mai pesimist scenariu al frecventei actuale). In cel mai rau caz, o frecventa ridicata B.1.1.7 acum, cuplata cu o relaxare a masurilor (fara o restrictionare pana la sfarsitul lui Martie), va duce la peste 20000 cazuri zilnice intre 18 si 28 Martie.
Dupa cel mai probabil scenariu in care B.1.1.7 era doar 0.1% din cazurile raportate zilnic pe 10 Ianuarie, va dura pana in luna Aprilie pana cand noua tulpina sa devina dominanta (peste 50% din pozitivi) in Romania. Chiar si in acest scenariu, numarul de cazuri totale la sfarsitul lunii Martie va fi in jur de 9,000 zilnic daca masuri de relaxare se vor lua acum (dintre care aproximativ 1300 B.1.1.7). Pe de alta parte, prudenta si continuarea masurilor in urmatoarele 2 luni vor mentine noua tulpina sub 100 cazuri zilnice pana la sfarsitul lui Martie, cu vechile tulpini ajungand sub 700 cazuri zilnice.
Concluzii
Modelarile arata importanța unei monitorizari active a B.1.1.7 prin secventiere, sau alte teste diagnostice, pentru a înțelege prevalenta B.1.1.7 și implicit nivelul actual de risc. Pe terment lung, secventierea genomului SARS-COV2 este cea mai buna metoda de a identifica atat aceasta tulpina cat si alte tulpini de interes.
O populatie imunizata 33% reduce practic numarul mediu de contacti secundari ce se vor infecta cu 33% (practic Rt scade cu 33%). Pentru tulpinile vechi SARS-COV2 cu o rata de transmitere R0 ce era estimata in jur de 2.5, se dorea o imunizare in jur de 60-70% pentru a controla pandemia fara masuri aditionale. Cu tulpini mai contagioase, este probabil ca target-ul de imunizare sa creasca la peste 80%.
Aceste modelari sunt similare cu cele obtinute de cercetatorii danezi [4]. Din fericire, Romania se afla la o anumita distanta de Marea Britanie, iar masurile de carantina impuse calatorilor veniti de acolo ne-au adus ceva timp pentru a pregati un raspuns corect la acest nou risc. In acelasi timp, e important de inteles ca vaccinarea a peste o treime din populatie e necesara pentru a contrabalansa impactul contagiozitatii crescute ale acestei tulpini. Daca masurile actuale sunt mentinute pentru urmatoarele 2 luni si nu se insista pe relaxari premature, avem sansa ca o mare parte din populatia vulnerabila sa fie vaccinata inainte ca noua tulpina sa devina dominanta in Romania.
Update: un nou studiu MedLife [5] apărut recent indica o frecventa crescuta B.1.1.7, aproape sau chiar peste scenariul 1 din 35 pe 10 Ianuarie, dar detalii despre selecția probelor din acel studiu nu au fost făcute public încă. O estimare precisa a frecventei noii tulpini devine absolut necesara înaintea oricaror decizii de relaxare se iau la nivel național sau regional.
Referinte:
- European Centre for Disease Prevention and Control. Risk related to spread of new SARS-CoV-2 variants of concern in the EU/EEA, first update. ECDC: Stockholm; 2021. https://www.ecdc.europa.eu/en/publications-data/covid-19-risk-assessment-spread-new-variants-concern-eueea-first-update
- Volz, E., Mishra, S., Chand, M., Barrett, J. C., Johnson, R., Geidelberg, L., ... & Ferguson, N. M. (2021). Transmission of SARS-CoV-2 Lineage B. 1.1. 7 in England: Insights from linking epidemiological and genetic data. MedRxiv, 2020-12. https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.30.20249034v2
- Li, Y., Campbell, H., Kulkarni, D., Harpur, A., Nundy, M., Wang, X., ... & for COVID, U. N. (2020). The temporal association of introducing and lifting non-pharmaceutical interventions with the time-varying reproduction number (R) of SARS-CoV-2: a modelling study across 131 countries. The Lancet Infectious Diseases.
- https://covid19.ssi.dk/-/media/cdn/files/estimerede_scenarier_for_udviklingen_i_cluster_b117.pdf
- https://www.g4media.ro/ultima-ora-10-cazuri-depistate-cu-noua-tulpina-de-coronavirus-de-laboratoarele-medlife-din-79-de-probe-alese-aleatoriu-de-la-persoane-din-diferite-regiuni-ale-tarii.html